彦根トンネルの疑問を投げて、彦根インターへ抜けると聞いて、それから考えたことだけ勝手に共有させてもらうと

・米原バイパスは東海道本線と矢倉川を越える必要がある
・県道329号（彦根米原線）と接続する必要もある
・県道329号とフジテックを結ぶ跨線橋は既設
こんなところから、彦根トンネルを掘るしかないと盲進してしまったんだろうな、と思った
だから出た結論を端的に言うと、米原バイパスとしてトンネルはやっぱり不要だった。もう仕方ないけどね