通常は、黄色がバッテリー電源で赤がアクセサリー電源。
何が違うかは、エンジンキーのオンオフに追従するかどうか。

逆に（赤⇔黄、黄⇔赤）繋ぐと、
カーステの時計がエンジンかける度にリセットするので、時計として使えなくなる。
（本来ずーっと電気が流れてなきゃいけないところが、キーオフで電気が流れなくなるから）
エンジンを切っても、カーステつきっぱなし。いちいち本体電源をオフする必要がある
（キーオフしてもずーっと電気流れるから）
いいことは何も無いと思うので、素直に同じ色同士で繋だほうがいいと思う。