ぶっちゃけその辺はどうとでも解釈出来るように設定されている思うw
EOE終盤のシンジが馬乗りになっている綾波と話すシーンも
LCLに溶けこんだ「碇君と1つになりたい」綾波の魂との対話とも受け取れるし
ディラックの海みたくシンジの自問自答の結果
他人=綾波のイメージを引き離したとも取れるかなと

その辺のある種の緩みも旧劇の面白いところだと思ってる