＞これを変えるには一組織のボスに言ってもしょうがない

そんなことはありません。
究極的には「法改正を目指す」にしても、個別・具体的な事象があるのなら、その都度指摘していけば良いわけです。
「事実を正確に、組織のしかるべき上層部に伝える」ことで、現行法の範囲内でも、対応を促すことは可能です。

納税者感覚として「いくら、法律で認められているからといっても、世間常識から大きく逸脱するようなことは、当該職員に対して、たしなめて自粛させるようにすべきではないか」と訴えることは重要です。

この場合は、当該教員に対して、
「きちんと診断書取って、病休を申請するか」
「同僚職員委迷惑を一切かけない完全復帰するか」
「辞表を書くか」
を、期限を切って迫ることは可能です。

本人は「体調と相談しながら、勤務に関してご配慮いただきたい（負担を軽減して欲しい・・）」というようなことを言うかもしれませんが、一切認めない対応も「法的には可能」なはずです。

ここで、適当に妥協して「おかしな前例」を作ってしまうことは、組織を運営する立場としては、避けたいところでしょう。