ちゃんと見たことないんだろうけど統計年報の申告所得税は事業所得だけですよ。給与所得の方は源泉所得税の統計に入るので含まれてない。

給与所得と事業所得の両方がある人は、事業所得分を赤字で申告すると損益通算されて源泉徴収分が還付になる。
インハウスや任期付き公務員など大部分がそうして節税してる。
見かけ上赤字が多いのはそれが理由だろうね。