旧仮名遣いだってそうだし自然発生した言語は読みと綴りが合わない方が自然なんじゃないの
意識して簡単にしたエスペラントやハングルみたいな人工的なものでも無い限りは

旧仮名遣いから新仮名遣いに移行した時に混乱は無かったか昭和一桁の父母に聞いた事があるんだが
新仮名遣いの方が段違いに簡単で何の苦労も無かったから混乱なんて起きずすんなり変わったと言ってたな