底ものの生態（ドジョウとか）がいないなら

魚を取る、バスポンプ（１０００円くらい）にフィルターかまして
水を抜く→（ごみ用のでかいポリバケツかなんかにとっておく）ヘドロの層に達したら
バケツで水と一緒に捨ててしまう。

で戻す。　水道水で追加