>>95
クールダウンはその言葉の雰囲気的に「冷やす」ような意味に捉えられがちですが、大きく分けて二種類があるようです。

一つは有酸素運動をした際にその運動を突然止めると、過酸化・アドレナリン等の交感神経を促進するホルモンが残る・心筋が乳酸を消費しきれない分が残る等の状態が続くので、体の循環を少しづつ平常に戻すというもの。

もう一つは筋トレ等の収縮が長いトレーニングの後に、筋肉の強張りを緩和する為にターゲット部位を伸縮させて縮もうと残る神経信号を沈めたり、
血流をポンプさせて無酸素運動物質の代謝を促進させるもの。
肩コリを取るために肩を回したりというのと同意ですね。

理屈はそんな感じですが、個人的にはジョギング程度ならイキナリ止めても体調が悪くなるようなことも無いですし（夜遅くだと、寝付きは悪くなります）、筋トレも種目ごとにストレッチしてたら複合する種目に悪影響
（静的ストレッチはダメ）があるので最後に纏めてストレッチで良いと思います。