１つのディスクにWindowsとLinuxを入れてるとWindowsUpdateのタイミングで
Linux側が起動できなくなるみたいですが、内蔵ディスクを２台にしてそれぞれにインストールすると
WindowsUpdateでLinux環境がぶっ壊れることはなくなりますか？

流石に大丈夫ですよね？