デスクトップ環境とはちょっとスレチだけどパッケージマネージャの話をするなら
snapやflatpakやCPANやpipなどあのへん全部滅ぼしてOSのパッケージマネージャで扱えるようにしてほしい
もちろんシステム用と開発用でバージョンを分けたくなるだろうから複数バージョン共存機能や
隔離インストール機能なんかも必要になってくると思う