>予備環境(シーゲート)が本環境(HGST)に取って代わってブートエントリ0000になっちゃってる

マシン終了して、refind のusbを外し、予備環境(シーゲート)にて起動。
>> シーゲート側から、
Boot0000　debian
Boot0001　debian2
という感じにしたい。コマンドを発令してください