環境の移植性を高めるために、/usr 以下は手動では触らないことにしているのですが、こういう姿勢は正しいでしょうか

基本的に対応できるのですが、たまに /usr 以下を編集するように公式のドキュメント等で指導されます
これは私の姿勢が偏っているということでしょうか