>>458
ファイルを複数に分けて管理できる
「利点」と捉えるかは人それぞれだろうけど

あと、emerge に --autounmask=y --autounmask-write=y を指定してUSEフラグが自動生成された場合に作られるファイルが、それ専用になる
具体的には /etc/portage/package.use に直接追記されていたのが
/etc/portage/package.use/zz-autounmask に書かれるようになる