そもそも、違うディストリのほうが良いんでは？
linuxを使う上で、自分に適したディストリを選ぶというのも重要だよ


それはさておき、まずprofileを途中で変えるのは正直NG
これをやってしまうと、いろいろと依存関係がややこしくなるので、導入時にeselectで適切なプロファイルを選んだら、それ以降は変えない

何かしらの理由でno-multilibを選んで、かつdesktop環境がいるのであればであれば、導入は以下の通りになるかな
案１．desktop関連のパッケージをemergeし、他のパッケージが依存するuseフラグを/etc/portage/package.useに追加する
案２．導入時のprofileを選択せずに、/etc/portage/make.profileを「ディレクトリ」として作成し、その配下にparentファイルを作成して、以下のような記述をしてmixinとし、emerge -anDN @worldする
/usr/portage/profiles/default/linux/amd64/17.0/desktop/gnome/systemd
/usr/portage/profiles/default/linux/amd64/17.0/no-multilib

※以下のURLを参考
ttp://gentoo.hatenablog.com/entry/2015/05/18/124124
ttp://ryokubudoh.hatenadiary.com/entry/2016/12/20/132149

ちなみにうちは、systemd+xfceの環境なので、以下のmixinにしてたと思う
/usr/portage/profiles/default/linux/amd64/17.0/desktop
/usr/portage/profiles/default/linux/amd64/17.0/systemd

如何せん、もうインストールしたのが２年前近くで未熟なときになので何かしら間違っている気もするけど、
今も特に問題なく常用できているので、多少あてにはなるかも