通知をしているのはpackagekit。裏でdnfを使ってはいるが恐らくキャッシュは別。更新頻度は低い。
pkcon get-updatesならちゃんと1件もないと言ってくる。

ついでに言うけど、お前らもっとpkcon使え。
対応のサブコマンドがあればだけど、dnf -Cより速いし
インストールやアップデートにパスワード入力不要で楽ちんだぞ。