>>53
USEフラグは色々だな。>>54のいうようにconfigureに指定するものから
Bugsfix以外のパッチとかcustom-cflagsのような公的には非推奨な最適化の実行とか
ありきたりな定番操作の自動とか(symlinkしか思いつかないけど)

大きく分けて2種類の指定方法があってsystem広域に指定する時にはmake.confに書いて
特定のパッケージのみに適用する時はpackage.useか/etc/portage/package.use/default.useに書く

例えばある言語は書くからdoc source exampleだけどJavaは利用するだけだから-doc -source -exampleにするとか
mp3は聞くけどAACは絶対に聞かないからライブラリに依存するな他のパッケージが依存してない限りビルドもするなmp3 -aacとか
X使わないからmake.confに-Xとか
他にもC++で書かれたプログラムをビルドするならもちろんgccがg++を持ってないとコンパイル出来ないから
gccにcxxのUSEフラグをつけるのをインストール時に要求されるなんて事もある

設定のタイミングは初めからの時もあれば後々になってからの時も両方ある
でも後々は基本的に面倒だから大体は最初にやるのが普通じゃないかな

ただGentoo入れたてだとあまりに見るパッケージが多過ぎるだろうから
最初の内は新規に入れるものと更新が来たパッケージのみ吟味してみればいいんじゃないかな？