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146コメント45KB
数値計算がしたいんだけど
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0001へ
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02/11/04 21:27ID:3Pgqsv0r
LINUX使って数値計算したいんだけどさ、
クラスタリングでもなんでもいいから
どの程度のパフォーマンスがでるかお前ら知ってるの？
知ってるなら書け。
0002login:Penguin
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02/11/04 21:29ID:TJQdcIDs
2get
0003login:Penguin
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02/11/04 21:30ID:2zKwI8RZ
>>1 の脳味噌はパフォーマンスが悪そうだな。
0005login:Penguin
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02/11/04 21:37ID:qwVu8i4V
数値計算しておもしろいの？
0006login:Penguin
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02/11/04 21:39ID:nx3y4HZq
Pentium4 2.8GHz single
Linpack hpl N9,000 : 3.679GFLOPS
0007login:Penguin
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02/11/04 22:12ID:2zKwI8RZ
>>1 は Unix 板にも建ててた。クズだ。死ね。
0008login:Penguin
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02/11/04 22:20ID:3Pgqsv0r
文句あっか？
0009ヤマトタケシ
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02/11/04 22:21ID:pGrRRIrh
かまうなよ、喜ぶから。
0010login:Penguin
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02/11/04 22:21ID:wmC3A6zE
画像が貼れるチャットがあるよ
http://www.i-chubu.ne.jp/~tomomi-h/marion/navi/navi.cgi?links=20311
0012login:Penguin
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02/11/04 22:26ID:3Pgqsv0r
５はバカ
0013sage
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02/11/05 00:20ID:WauPUeNc
季節の変わり目を感じさせるなあ(´-｀)
0014:D
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02/11/05 01:52ID:58wxuffQ
> S-Plusを使っております。

SO WHAT?
0015login:Penguin
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02/11/06 03:16ID:9vqVWfkw
Celeron1.7GHz　、DDR-SDRAM（PC2100)
インテルコンパイラifc6.x or 7.xbeta、必要に応じてMKLライブラリを使用で
　　倍精度密行列乗算　約1.5〜1.6GFLOPS
　　単精度密行列乗算　約2.5〜3.0GFLOPS
行列のサイズは、たとえば300〜500次元程度。
10年前のスパコン相当が１０万円でおつりがくる価格。
0016login:Penguin
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02/11/06 16:31ID:zoO+OMwg
この板のﾔｼはクラスタリングに興味ないんだよね。
>http://pc.2ch.net/test/read.cgi/linux/1000015355/l50
こういうスレとかあるけどさ、
個人レベルでやっても意味ない。

そもそも、なんとなくLINUX使って
誰も使わないのに鯖立てるようなひとばっかりだからな。
0017login:Penguin
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02/11/06 17:34ID:e3o6mtrF
>>16
自宅でクラスタ組んでいる間に次の世代のCPUが出ちゃうからね。
無駄なんだよ。自己満足にしては容積も電気代もくいすぎ。
0018login:Penguin
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02/11/08 01:19ID:U6l7cdxw
将来BIOSとLinuxのOSがHyperThreadをサポートするようになれば、
XeonとかPentium4の性能はさらに高くなる。現在スレッド多重度は
CPUあたり２のようだが、将来はそれが４とか８になるのだろう。
0019login:Penguin
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02/11/08 01:21ID:u1gPn0zk
やっぱ自宅のPCで複数のオートマトンを同じ空間で
飼って交配させて成り行きをみるのが乙でしょう。

江東区サンタフェ、なんちって。
0021login:Penguin
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02/11/12 14:26ID:OPLj7hdg
数値計算用にカスタマイズされたディストリビューション
ってないですか？X動かなくてもいいんで・・。
0022login:Penguin
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02/11/12 15:22ID:LveW8cKc
>>21
iccとかifc,Mathライブラリを配布できないからだめでしょ。
0024login:Penguin
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02/11/12 15:46ID:HDv4CFo+
しかし、GSLって凄いな。
0025login:Penguin
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02/11/12 16:26ID:OPLj7hdg
>>22

サーバー機能とか、Xとか余計な機能はすべて取っ払ってあるような
ヤツ探してるんだけど・・。ライブラリなんかは自分で入れるとして。
なるべく軽くしたい。
0026login:Penguin
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02/11/12 16:57ID:oYwEaKF4
>>25
だったらFreeBSDかNetBSD使えばいい気がする
Linuxにこだわる特別な理由が無いならね
0027うひひ ◆HPUXiz1O02
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02/11/12 17:32ID:mr09G8Zk
>>25
なにも既存機からddするわけじゃアルメーシ
「余計」なものインストールしなきゃ良いんだろ
インスコ時の選択がより詳細にできればいいわけで
バカデストだってそれくらいできるだろ
何が「余計」「余計じゃない」ってのは君の脳内しか解らないことだが
何々を収録しろとかいうワガママじゃなければ特に現状で問題ない
と思うが
dc,bcあたりがはいってればいいのか？
0028login:Penguin
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02/11/12 18:50ID:yu0a6f/i
> dc,bcあたりがはいってればいいのか？

Pen43.06G+2GBRAM+Linux=電卓♪
0029login:Penguin
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02/11/12 19:46ID:Dyzu+53T
MAXIMAとscilabとTeXmacsで電卓代わりにしてます。
そういった話はだめ？
003027
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02/11/12 23:55ID:OPLj7hdg
>>27

いや、おっしゃられるとうりなんですけどね。
linuxで数値計算やっている人って多いと思うんだけど、
そういう需要から生まれたディストリビューションないかなーって。
アホな質問してすみませんでした・・。
0031login:Penguin
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02/11/13 00:06ID:6mTv3JvB
メジャーなものの中では、SuSEが一番数値計算ユーザーを意識してる
かもしれません。
0032login:Penguin
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02/11/13 00:27ID:6mTv3JvB
数値計算するにはいいコンパイラとライブラリがあればいいが、
intel compilerが今は一番いい選択であろう。とすると、
intelが動作を保証しているRedhatが一番数値計算に向いている
と言えるか。

あとは、計算中にOSのオーバーヘッドが少なければいいが、
今のマシンでは99.9%のCPU時間は計算に使われるのでどれで
も同じだ。
昔はメモリをケチって絶対にXは止めてけど、GB単位のメモリを
積んでる今では無視できるね。ただ、Xコンソール開けっ放しに
してると、派手なスクリーンセーバーが動いて50%近くのCPU時間
を使ってることがあるんでそれだけは注意が必要。

0033login:Penguin
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02/11/13 03:15ID:nCjTtO5i
＞ linuxで数値計算やっている人って多いと思うんだけど、
＞そういう需要から生まれたディストリビューションないかなーって。
以前は、旧DEC Alphaアーキテクチャ向けにあった。
0034login:Penguin
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02/11/13 04:42ID:naCtZ/+x
*BSDでiccって面倒くさくね？
0035login:Penguin
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02/11/13 08:29ID:QtPDxo5+
X 動かすのが気になる程度のカスマシンに数値計算させんじゃねぇ。
つか、入ってても動かさなきゃいいだけだろうが。

シングルモードで動かして計算走らせろや。
それか、linux init=<計算>。カーネルと計算だけで究極だ。
003630
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02/11/13 15:34ID:iGxGaKiN
>あとは、計算中にOSのオーバーヘッドが少なければいいが、
>今のマシンでは99.9%のCPU時間は計算に使われるのでどれで
>も同じだ。

なるほど。たしかに計算中はCPUの占有率は計算部分が多くなってますね。
それならXでもいいのかな・・。

>X 動かすのが気になる程度のカスマシンに数値計算させんじゃねぇ。
>つか、入ってても動かさなきゃいいだけだろうが。

スパコンと併用して使ってますが、ためし計算するためにlinuxで計算
させるとだいたい２週間ほどかかるわけです。ですから、なるべく
余計な機能を省きたいと思いまして・・。
0037うひひ ◆HPUXiz1O02
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02/11/13 15:45ID:6BqkLYTL
>>30
Xがインストールされているのと実際に稼働してるのは違うよ
どんな実行プロクラムも稼働してなければ単なるファイルに過ぎない
世界中のアリとあらゆるモノをフルにインストールしてあったって
ダイジョブ
気になるなら目的のプロセス以外全部killしちまえ（わ
0038login:Penguin
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02/11/14 00:50ID:V5EmxPFs
究極の軽さを求めるなら、ディストリうんぬんよりも、やはり
いらないオプションを全部外して、カーネルを再構築だな。
それで、きっと0.1%は計算速度が向上するだろう。
0039名無しさん＠Ｅｍａｃｓ
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02/11/19 14:27ID:oR1GfrVL
>>18
いまのLinuxってHT対応してますか？

ってかP4 3GHz値段たかすぎ。
一学生には届かないよ。手が。

すれ違いsage

athlonなんかでもＨＴみたいなのやってくれればいいのに。
最近半額ぐらいに値下げしてるからね。明日論。
0040login:Penguin
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02/11/20 01:14ID:Z6EX/7Lq
>>39
うちの2.4.18は対応してて、Xeon Dualだけど、/proc/pciにcpuが4つあるよ。
かなり最近対応したみたいなので、ディストリビューションに含まれるkernel
ではダメかもしれません。
0041login:Penguin
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02/11/20 01:16ID:Z6EX/7Lq
でも、私の用途だとマルチスレッド実行しても1割くらいしか速く
なりません。HTはCPUが2つに見せるだけで、実体は1つだからね。
0042login:Penguin
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02/11/20 17:29ID:zbhcvzJb
Gentooはどうですか？
自分の環境にあわせて徹底的に最適化できるって公式サイトのインストールガイドで謳ってるんだけど。
0043login:Penguin
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02/11/22 00:47ID:fdqnnMUD
Xenonで860チップセットのマザーボードではHTはONになりますか？
0044login:Penguin
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02/11/22 09:59ID:Jhrzjmay
>>15
>>32

intel compiler (C言語)ってceleronでも動くんですか？
なんかあくまでpentium用って言われたことがあるのですが・・・。
0045login:Penguin
垢版 |
02/11/22 10:37ID:FM9Yp7zz
コンパイラ換えてまでパフォーマンス追及したい奴が
celeronなんか使ってんじゃね〜よって言いたいんだろう
0046login:Penguin
垢版 |
02/11/22 15:07ID:62Q4hqgd
>>44
80386でも使えると思います。当然Cerelonでも使えます。

0047login:Penguin
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02/11/22 16:36ID:5ZjbnUhY
>>42
だろうけど、インストールするだけで何日もかかるぞ。全部ソースからコン
パイルするっていう意味だから。それがいやならDebianで十分じゃないかな。
004844
垢版 |
02/11/22 22:36ID:Jhrzjmay
>>45
>>46
ありがとうございます。Tualatinだからpentiumにするには
ちょっと億劫なもので・・・。
（それよりslackwareで動かす方が問題アリか？）
0049login:Penguin
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02/11/24 02:02ID:AQbo0hie
>>44
CeleronはPentiumの安物バージョンだからOKさ。
Intelコンパイラは普通のPentiumとかPentiumMMXとかでも動くよ。
ちなみにCeleron1.7GHzは、CPUのコアはPentium4で、キャッシュが128KBの
もの（Pentium4は512KB）。
0050login:Penguin
垢版 |
02/11/24 02:05ID:crVPu9E8
ギガビットEtherでクラスタ組んで見れば？
SCore載せればそこそこ性能でるんじゃないの？
0051login:Penguin
垢版 |
02/11/24 04:13ID:JiaB/Whl
>>38
その 0.1% の根拠を教えてください。
0052login:Penguin
垢版 |
02/11/24 04:14ID:jqB02DGh
あはんあはん
0054login:Penguin
垢版 |
02/11/24 09:57ID:W7tc6v1R
0.1%の数値の是非は、どうかと思うけど、カーネルをコンパイルしてAthlonやPentium4に最適化すると、
うまくすると、1.5倍くらい速くなったこともあった。(2.4.0-7 5:34 2.4.9 3:42)
2.5.4xでスケジュールが変わったから期待しているが、make xconfigがエラーになるので
まだ試していないが。
gcc3.2で数値計算するとき気をつけないといけないことがあるよ。
それは、外部関数を使うとき、関数宣言にexternをつけないと、コンパイルできても、正常な値に計算されなくなることがある。
gcc2xxでは、大丈夫だったけど。
005538
垢版 |
02/11/24 11:21ID:b+2ujWQY
数値計算の実効コードは普通、四則計算をする、数学関数を使う、データを
メモリから読む、結果をメモリに書くということによって構成される。
これらはネイティブのCPU命令なので、システムには依存しない。

kernelが関係するのは（システムコールを使うのは）、ディスクアクセス、
通信、画面表示などだが、もし、これらをヘビーに使う「数値計算」が
プログラムがあったら、この部分の速度はkernelに依存するだろう。

また、linuxはマルチタスクなので、計算以外にkernelがしているその他の
仕事が計算を圧迫することがある。この「その他の仕事」のCPU占有率は
0.数パーセントである。従って、この部分を最適化しても0.1%くらいしか
性能が向上しないであろうというのが根拠です。

0056login:Penguin
垢版 |
02/11/24 12:13ID:oX/TOJ/g
横レスで補足
「データをメモリから読む、結果をメモリに書く」はCPU命令だけでなく、シ
ステムが介在し、カーネルのつくりによる影響をうけますね。
0057login:Penguin
垢版 |
02/11/24 13:04ID:crVPu9E8
実際、Machカーネルのページフォルトハンドラを書き換えて
実行速度が40%だか向上したという研究があったはず。
005838
垢版 |
02/11/24 19:53ID:b+2ujWQY
>>56
ご指摘の通りです。55は不正確な内容を含んでました。
メモリの扱いはカーネルが関わります。数値計算の場合、
経験から、実際のところは物理的なキャッシュの大きさやメモリ
バンド幅のみに依存すると思ってますが、どうなんでしょうか？
もちろん、仮想記憶を使うような計算では話は別だと思いますが。
0059login:Penguin
垢版 |
02/11/30 01:40ID:2Htl08Kq
やっぱり、Intel Fortran for Linux でしょ。
0060login:Penguin
垢版 |
02/11/30 02:49ID:crGER4o1
>>57
そりゃ元の実装が酷過ぎただけでしょ

>>58
巨大な行列を扱う場合なんかで、
hugepage supportは良く効くらしいですな
0061login:Penguin
垢版 |
02/12/01 03:51ID:U51lIwOt
クラスタ使ってる人、誰もいないの？
0062login:Penguin
垢版 |
02/12/10 22:26ID:uY1dc26D
クラスタってなんですか？
サタラクラなら知っているんですが。
0063login:Penguin
垢版 |
02/12/10 23:03ID:ql6/Btw+
>>54
ANSI Cではexternて別に付けなくてもいいんじゃなかったっけ？
0064login:Penguin
垢版 |
02/12/10 23:54ID:eNfyKET1
>>62
クラピカみたいなもんだよ。
0065login:Penguin
垢版 |
02/12/11 00:19ID:4Wsk//B0
>>64
それは、暗にピリカピリララのことを言っているのですか？
0067IP記録実験
垢版 |
03/01/08 22:13ID:fIdjGskD
IP記録実験
http://qb.2ch.net/test/read.cgi/accuse/1042013605/

1 名前：ひろゆき ◆3SHRUNYAXA ＠どうやら管理人 ★ 投稿日：03/01/08 17:13 ID:???
そんなわけで、qbサーバでIPの記録実験をはじめましたー。

27 名前：心得をよく読みましょう 投稿日：03/01/08 17:20 ID:yL/kYdMc
SETTING.TXT管轄でないということは全鯖導入を視野に、か？

38 名前：ひろゆき ◆3SHRUNYAXA 投稿日：03/01/08 17:22 ID:rLfxQ17l
>>27
鋭いです。

73 名前：ひろゆき ◆3SHRUNYAXA 投稿日：03/01/08 17:27 ID:rLfxQ17l
＞ところで、IPが抜かれて何か今までと変わることってあるのでしょうか？
・今までより、サーバが重くなる。
・裁判所や警察からの照会があった場合にはIPを提出することがある。
0068login:Penguin
垢版 |
03/01/09 01:08ID:d0cXwiPT
>>323
2chはIPをとられていない　安全なインターネットだと聞いていましたが
もうこれでほかのサイトと同じ危険なインターネットになってしまいました
0069login:Penguin
垢版 |
03/01/09 01:23ID:d0cXwiPT
>423
削除じゃなくて補償の話みたいですよ。裁判は。
IP記録してるならより明確に責任逃れが出来ると思われ。
0071login:Penguin
垢版 |
03/01/09 02:06ID:5dI2J0HT
これで「２ちゃんねる」は匿名掲示板の看板を下げたわけですが、
「２ちゃんねるガイド」の説明がまだ直っていないみたいです

>誰もが自由に書き込みが出来る匿名掲示板のシステムには、
>アンダーグラウンド（UG アングラ）のイメージが付きまと
>いますが、運営者としてはそういうスタンスではありません。

本運用になったら直すのでしょうか
あとNiftyみたいにですます調で書き込みしないといけなくなるかも (^^;
0072login:Penguin
垢版 |
03/01/09 03:02ID:+fSWdK5y
　　　／⌒ヽ　
　　/　　´_ゝ`） 　ＩＰ太郎です。
　　|　 　　/　　　
　　| /|　|　　　
　 //　| |　　
　Ｕ　 .Ｕ
0075名無しさん＠Ｅｍａｃｓ
垢版 |
03/02/16 01:30ID:6XetCkho
喪主
0076login:Penguin
垢版 |
03/02/16 16:22ID:lDu6BkYH
>>54 の
> gcc3.2で数値計算するとき気をつけないといけないことがあるよ。
> それは、外部関数を使うとき、関数宣言にexternをつけないと、コンパイルできても、正常な値に計算されなくなることがある。

これって本当ですか?
本当ならソース書き換えないと…
0078login:Penguin
垢版 |
03/02/20 01:27ID:2GiXricv
LinuxやFreeBSDが、Machみたくに、プロセスに固有のスワップ領域を
指定できるようになっていればよい。あるいはユーザー毎に使用する
スワップ領域を指定できるようになっているとよい。
スワップを共有領域に置くことは、たとえそれがスーパーバイザーのみが
管理する場所であるとしても、潜在的な危険性があるし、
ユーザーのニーズにより、管理者がスワップ領域を切ったり足したり
しなければならない。ユーザー自身のプロセスで必要な仮想記憶領域を
取るのには、ユーザー自身がスワップを管理するのが一番よいのでは
ないだろうか？　ユーザーが環境変数SWAPFILEに指定すれば、
そちらをのみ使うというのがよいのではないか？
0081login:Penguin
垢版 |
03/03/28 20:02ID:UA7xc1l9
で、お前ら何を計算させてるの？
よろしければ教えてください
0083名無しさん＠Ｅｍａｃｓ
垢版 |
03/04/18 01:29ID:ewRk8yTl
しかしヒトすくないな、ここ。
>>81
おれのばあいは本職が物理なんで、研究に数値計算も使うことがある。
例えば量子力学で記述されている系(model)を数値的に厳密に解こうとすると
大規模な行列の対角化が必要になったりする。例えば原子が一直線上に10個だけ並んだ
モデルでも、メモリをG以上食う。色々な工夫はあるんだけどね。
0084login:Penguin
垢版 |
03/04/18 09:04ID:k8ZsJnI/
>>83
非線型モデルを解いたりマルチエージェントの世界を創造したり
してますがなにか
0085login:Penguin
垢版 |
03/04/18 15:52ID:/BcUfR4g
>>83
ソースきぼんぬ。
特に「色々な工夫はあるんだけどね。」って所、具体的におながいしまつ。
ソースがMathCode C++ + Fortranなんて奇抜なスタイルだったりするとなお嬉しいでつ。
0087login:Penguin
垢版 |
03/04/18 20:46ID:f1gNT0U6
SGI LX3000使え!
0088login:Penguin
垢版 |
03/04/18 22:24ID:saUKeuqy
ナビエストークスの方程式
コリオリ力つき
0089名無しさん＠Ｅｍａｃｓ
垢版 |
03/04/19 02:09ID:30gagf07
>>84
ごめんなさい、別に対したことじゃなくて、厳密対角化に加えて
量子モンテカルロやDMRGも使いましょう、ってくらいの話です。

あと、関係ないんだけど
科学計算でソースといえば、物理版に昔研究に使ったソースは公開
しろ、ってかんじのスレがあったと思うんだけど、みなさんはどう
思いますか?個人的には物理の場合は理論の再現性という観点から
みて、やはりそうすべきではないか、と思うんだが…
009089
垢版 |
03/04/19 02:14ID:30gagf07
まだまだ数値計算はヒヨッコなので、色々教えて欲しいんですが、
Numerical Recipe in C ってどうかな?

あれってFortranのコードを機械的に変換してるだけなの?
かなりソースが汚いと思うんだが。

個人的にはアルゴリズムの勉強には NR 使って、ソース自体は
gslとか見て勉強した方が良いのかな、って思うんだけど。


0092山崎渉
垢版 |
03/04/20 05:49ID:xFRXxEWb
　　 ∧＿∧
　　（　　＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）
009389
垢版 |
03/04/20 23:25ID:XP0mNoYm
>>91
やっぱりかなり信用おけないみたいですね、ＮＲは。
参考になりました。ありがとう！
0094login:Penguin
垢版 |
03/04/21 03:02ID:EvSzvvyJ
NR の著者らによる反論→http://www.nr.com/bug-rebutt.html

まあ NR のコードは自分もあんまり好きじゃない/信用してないので、
まじめな用途ではたいてい NetLib 使うかな。でも NetLib で目的の
ルーチン探すのは結構めんどいので、NR で済ませちゃうことも
それなりにある。

件のページを悪く言うと、数値解析の辞書を自分たちで作れなかった
数値解析専門家たちのヤッカミも入ってると思う。というか誰か
『NetLib の歩き方』とか出してくれんかな。
0095山崎渉
垢版 |
03/05/22 02:07ID:p4opmoqv
━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅（＾＾）]━―━―━―━―━―━―━―━―━―
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