少しくらいの錆なら板金塗装できれいになるよ。
悩まず車買った店か板金塗装専門業者へ言った方が良いかと思います。
軽のルーフ塗装なら４〜６万円位だと思うけど、錆が酷ければ＋２〜３万円かもです。