通れない扉というか
以前の選択の結果で得たアイテムを所持していると特定オブジェクト(画面上で光ったりしない)を破壊して進めるとか
単純に右上のMAPに載ってない部屋があるとかそういうのは序盤からある
敵の図鑑抜けてたりするのはそういう所の見落としが主な原因だと思う