さすがに全ての鍵が全ての部屋を開けれると
マスターキーと同じになってしまうし万能すぎるからないと思う
念のために検証されてバレる可能性もあるし
十司の部屋に入るのに朝比奈の部屋からマスターキーを拝借したことからも

だから例えばこういうのはどうだろう？
1、4、7、10の部屋の鍵が共通　2、5、8、11が共通1　3、6、9、12が共通
普通検証は隣の部屋を使って行うだろうからこれならまず気づかれることもない
もしそうなら五代が5と8とマスターキーを持って部屋に篭ったから
五代の部屋の鍵を開けれたのは二宮と手児奈ということになる
手児奈が犯人でないということが証明されさえすれば
二宮が犯人と断定できる

こういう風にいろいろ妄想するのが楽しいｗ