嫌がらせではないでしょう。
単なる解釈の違いによる齟齬。

まず前提として、予選から決勝まで車はいじれない。
何らかの理由がある場合に限り許される。

ホンダは、オシレーション解決のためのモード変更の許可をFIAに申請。
FIAは、それはパフォーマンスのためだろ？ダメよと却下。
なら、とホンダは信頼性の担保が安全性の確保に繋がる、という線でFIAを説得。
FIAは、そんなら良いよと許可。

それでホンダは、決勝前にモード変更を行ったが
そこにはおそらく1回目申請の際に却下された部分の改善と受け止められる変更も含まれていた。
なのでFIAは、聞いてた話とちゃうやん！ダメダメ！と。

ホンダとFIAの意思疎通の不備、許される解釈の違い、そういったことだろ。
いずれにせよ「弄ってはいけない」がデフォなんだし
ホンダ的にも、解釈によってはいけるかも？という話だったんだから
これが嫌がらせだの何だのということでもないと思うわ。