新劇にコア設定はないよ
ユイがいたのも初号機の中じゃなくてシンジの中だった
そういうことじゃなくね、もっと大雑把に初号機が母親機で第13号機（「第」がつく、ここ重要）が父親機なのよ
だから最終決戦は母親機にユイとレイと主人公、父親機にゲンドウとカヲルと囚われのお姫様って図になってる
そして最後のエヴァンゲリオン（8＋9＋10＋11＋12号機）はその闘いに直接関与してない