ここまでの読んで取り入れて改訂してみました

自己解釈入れて書いてるけど突っ込みよろしく
長文ですまん。

□ニアサー直後
・カシウスにて活動停止後に凍結（破　予告）
・幽閉されるネルフ関係者、ゼーレから詰問を受ける。
・クローン技術者のマリは、ゼーレ側に綾波シリーズ４人（No2〜5）を同時に活動可能にする技術を提供する代わりにネルフ関係者の更迭解除を取引する。
・ゲンドウ、冬月は解任され渚司令、加持副司令がゼーレの鈴として就任する。
・アスカ、二号機復活、八号機完成、マリが乗る。
・11、12使徒を撃破。

□半年後、サード開始
・mark9〜12までが極秘裏に完成する。
・ゲンドウにより凍結されていた初号機が再起動する（until 初号機の稼働シーン）
・Mark6のカヲル司令がセントラルドグマへ侵入しようとする初号機を止めるために達磨になるまで攻撃（until 初号機はシンクロ率が高すぎて初号機=シンジとしシンジを刺す表現　カヲルの寂しそうな表情）
・Mark6のダミープラグが起動してリリスの首を刈りmark6inリリスとなり4本の槍、4体のエヴァ（mark9〜12）を使用しリリスのコアを贄にサードを発動（until）

□ヴィレ決起、サードインパクト
・同時刻、ゼーレの狙いに気付いたミサト達がヴィレとして反旗を翻しゼーレ側の勢力と戦闘開始。アスカ、マリも同調。
・首無しリリスによる発動による影響で人々は首のないインフィニティの姿で暴れはじめる。大地がコア化を開始する。
・インフィニティを撃破しまくる二号機、八号機。ドグマに辿り着き、mark9〜12撃破。
・加持がサードインパクトを完遂させないために予め渚司令に渡されていたDSSチョーカーを携え特攻。カヲルを爆殺しサード完遂を阻止。インフィニティ停止。大地のコアも鈍化する。
・ミサト達は軌道突撃挺五隻でヴンダー奪取へ二号機、八号機も別途ロケット等で脱出。

□その後
・タボル山にてネプ鍵を使用してゲンドウ、人間をやめ神となる。
・ゲンドウ、冬月がネルフ本部へ帰還する。
・初号機はゲンドウかゼーレが奪われたヴンダーの主機になるのを防ぐため宇宙に打ち上げる。mark4を護衛につける。

とりあえず、こんなところでいかがでしょうか？