Qのミサトが右目を見せないのは、アスカと同じで使徒に侵食されてるから
左目だけレンズのないサングラス・帽子で右目だけ隠している描写・ブリッジ内で両目を出した時は赤い照明に照らされて目の色が判別できないように演出されている