シンジと初号機が一体化していた事で、ニアサードのトリガーは初号機になっていますので
人類の形は初号機(インフィニティ)を模した物に変化します
地表の人々は人類の形を捨てて、パシャるLCL化ではなく、初号機を真似た姿に変化します

人類はインフィニティのなり損ない(以下、モドキ)として地表に溢れ、ドグマに集まります
インパクトの儀式の中心、リリスが首を切り落とされた事で、それもまた中断されます
同じようにモドキ達も首がモゲて落ちたのか…首を失った事で活動停止
その首はドグマ最深部へ落ちて行き、冥界の地面を巨大な頭蓋骨で埋め尽くします

アダムの化身、人間の肉体に封じ込まれたアダムの魂、カヲル君が
シンジとの2人だけの世界を求めてやって来る、その時の罠を仕込んでおいた訳です
息子のシンジさえ、
アダムの座からカヲル君を追いやる、第13号機で第13番目の使徒に堕とす為のエサです

リリスも死に、アダムも殺す、神殺し
殺して滅した後釜にネブカドネザルの鍵を使って空席になった第一の使徒アダムの座にゲンドウは座る
新たなリリスにポカ波とユイを、新たなアダムにゲンドウがなりシンジを加えた三位一体の完璧な完全な儀式
ファイナルインパクトで使徒と人類で争わない、アダムとリリスで争わない新世界を息子の為に
同世代の子供達、アスカや同級生達の為に作る、そして完結すると思われます