キリスト教扱いが多いのは
劇中に頻出する十字架モチーフのせいだと思うな
ミサトのペンダントとか、使徒の光線や自爆の爆炎の形とか
参号機が空輸される時の拘束具なんてもろに十字架張りつけだし

ユダヤ教・キリスト教の「原罪」は
人間が神の意志に背いたこと（で結果として知恵を得たこと）なのに
なんでアダム系を追いやることが原罪になるのかよくわからん、罪悪感とか？
でも公式設定ならそうなんだろうな…本編に描写なくても