>>1
WAN での運用に関しては、
・同一ドメインで別サイトとして運用
　　-> 単一管理ポリシー（ou による一部委任）、管理トラフィック中（複製 + GC）
・別ドメインとして運用
　　-> 別管理ポリシー（信頼関係による補完）、管理トラフィック小（GC）
の 2 パターンがあると思います。サイトの利用法、サイトとドメインの使い分けについて
よいドキュメントが無いのですが、自分は上のように解釈しています。

Unix との連携については、pam_ldap ならぬ pam_ad とか誰か書くことで
認証情報を共有できるようになると思います。pam_ldap の参照するスキーマ情報と
ActiveDirectory の提供する認証に利用可能な LDAP Object (Entry) の定義が
違うので、現状では相互運用は無理です。

書籍では
『Windows2000 ActiveDirectory ドメイン構築ガイド』（ソフトバンク）
『ActiveDirectory 導入ガイド（Windows2000 テクニカルリファレンス）』（日経BP）
が参考になるでしょう。特に後者はネットワーク設計をする人にも有益です。

>>6
Windows2000 は DNS 使ってサーバーの場所を発見しますから。
<Service>.<Protocol>.[<Site>.]DomainName という名前規則を定義して、サービスと
プロトコルとドメイン名（必要に応じてサイト名）が与えられれば DNS から当該サービスを
提供しているサーバーを検索できるようになっています。

ブロードキャスト依存性の高い NetBIOS 名前解決よりはマシと思うしかないでしょう。