既に解決済みかもですが、.viminfoのユーザー権限がrootになっていたりしませんか？
rootになっていた場合ペースト出来ないと思います。


.viminfo、_viminfoファイルは、コマンド、編集情報、検索情報、レジスタなどの 履歴情報を保存しているファイルです。
このファイルはvimエディタの終了時に作成され、次回のvimエディタ起動時に、 状態を復元するために使用されます。

*21.3* viminfo に情報を記録する

テキストを保持しているレジスタ、いろんな場所に設定されたマーク、慎重に書き上げ
たコマンドが記録されたコマンドライン履歴などは、Vim を終了するとすべて失われて
しまいます。ただし、それらを復元することは可能です！

viminfo ファイルには以下の情報を記録できます:

コマンドライン履歴と検索履歴
レジスタ
マーク
バッファリスト
グローバル変数

Vim を終了すると、これらの情報が viminfo ファイルに保存されます。次に Vim を起
動すると、viminfo ファイルが読み込まれ、状態が復元されます。