自分は/homeとか/varとか、書き換え頻度の高そうな
マウントポイントだけ分離するために別のRAWイメージファイルを
作成して、メインのqcow2イメージとは別に
追加でマウントとかしてた
例えばqemu内のfstabでは sdb1を/var とか sdb2を/home とか

頻繁に書き換えのあるディレクトリだけを
別のディスクイメージにまとめて、/のファイルシステム上では
そこへのシンボリックリンクにしてしまってもいいかも