アンプの方がDolbyDigitalに対応してないのかと思いましたが対応しているようです。アンプはSTR-DN2030です。
マザーボード側の光出力端子はジャック情報がリアパネル 光学ジャックとなっております。

どうやらおま環ぽい気もするのでもう少し自分で試してダメならサポートに聞いてみることにします。
最後になりますが、サウンドブラスターSB-X3はドライバーやCommandなど古いバージョンに戻しても大丈夫でしょうか。
インストール時にファームウェアも更新しているようなので気軽に試せず聞いてみました。