表面的な使い方してる分には大丈夫だと思うよ。
だれでもやりそうなことはどれでもできる。
デスクトップ自体も使い勝手は人それぞれだけど一応どれでも同じ。

でもたとえばGnome系のユーザーはnautilusで直接ネット上のデータ読みに行ったりしないでしょ。
それをすること前提で何かの作業が成り立っていたりすると別の方法を構築しなきゃいけない。
とか、まぁいろいろあるわな。