KDEやGNOMEは使わなくていいなら
ウインドウマネージャを単体で使ったほうが便利。

GNOMEアプリをKDEで動かしたり、KDEアプリをGNOMEで動かすと問題が出る。
そのため開発者はデスクトップ環境ごとにアプリを作らないといけない。

デスクトップ環境に合わせてGUIアプリをボタンなどの配置を決めても
ウインドウが変わるとレイアウトがずれる。

3Dデスクトップをリモートで動かすには、リモートサーバーの
X Window Systemにハードウェアアクセラレーションの機能が必要。

Linuxの画面をWindowsからGUIで操作したければ、
Windowsにサーバーを入れる必要がある。

今は、DRIを使った描画が主流で
X Window Systenの特徴であるネットワーク透過性は
失われたも同然。

ここまで理解した。
まったく難しいぜ。