かなり前にゲームパッドの操作不具合で問い合わせした時に、複数のパッド接続かSteamの相性の可能性があるとメール回答貰ったよ
うちの場合はxboxとps4コン繋いでたので片方ずつ試して結果的にxboxコンの相性が悪かった(別ゲーのarkでも似たような挙動してた)のでps4コンでプレイして解決した
無印まもけんであれば高スペpcの場合FPS上がりまくるのが原因の一つでもあるから、コンフィグから垂直同期オンにしても解決するぽい