一応分かると思うけどWindow.pngの仕様はヘルプの「ウィンドウスキン詳細」参照ね
ウィンドウカラーの色を変えるだけならデータベース＞システム＞ウィンドウカラーから変える事は出来るけど
スクリプトリファレンスから素材規格までヘルプ見れば大体の事が載ってるよ

>>4
既成はC:\Program Files (x86)\Common Files\Enterbrain\RGSS3\RPGVXAce\Graphics\System\Window.pngから適用される
これが俗にいうRTP（ランタイムパッケージ）
ゲームフォルダのSystemフォルダ内にWindow.pngがあればそちらが優先して適用される
デフォルトで使用可能な素材は全てそう