元のスクリプトがよく分からない処理をしているな…
下のウィンドウを両方削るならstandard_paddingじゃなくて
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# ● ウィンドウ高さの取得
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def window_height
Graphics.height - @top_y - fitting_height(1)
end
のfitting_height(1)を削るだけで良い