フォントを変えたいなら適当なスクリプトセクションに
Font.default_name = "MS 明朝"
Font.default_size = 22
Font.default_bold = true
とか書けば良い。(マニュアル参照)
ウィンドウの方は多分、Window.pngを差し替えてるだけだと思う
Systemフォルダに新しいWindow.pngを配置すれば適用される