変換後にNEXT固有の設定は削除されるって書いてあったからね。
騒動からざっくり10年近く経ちそうだけど、lyna氏がここまで何も救済措置を取ろうとしなかった以上、NEXT専用シナリオについては、割り切って使い分ける位しか出来ることはない。
俺の場合、普段は1.50でやって私家版シナリオの時だけ宿データ移してやってるな。