また違う考察だが
2部のどっかでカーネルが「黒幕は案外身近なところに潜んでて一度は会っててもおかしくない」みたいなこと言ってた
この発言に思いっきり該当するのがファニィ、行く先々で楽譜を売ってくれる身近な人物
でもファニィがトリックを仕込める人物かと言われると確証はない
トリックがあるならそれはもはや時廻しを利用した手口、ファニィに可能なのか？となる

でもネクロと同一人物なら実力的にできなくもない
さらにネクロはエルから砂時計を奪ってたから時の砂を確実に奪える機会もあった
しかし最後の最後でいい人っぽく見えたり、夢語りをたどってるだけに見えたり、宣言どおりにエルを始末できなかったりと
他の登場人物と同様、ただの盤上の駒にも見えるから確定はできない、ここらへんすごくややこしい

ネクロ＝ファニィが黒幕の1人（一番都合のいい駒）でさらに奥に別の目的で暗躍してる真の黒幕がいる説
実力はネクロ＜真の黒幕でそいつがマリネの魂を石から出して物語をスタートさせてる