ちょい違う目線で推理した

１．悠遠大陸が落ちてメモリル大陸だけ不自然に沈没しなかった理由
　　あの大陸だけ海に浮いていたから
２．誰が世界中を水浸しにしたか
　　水属性の才能に長けた誰かが賢者の石を利用して水魔法を発動したから
３．そんなことをして一体誰が得をするのか
　　メモリルだけが海に沈まないことを知った上でピアを利用した奴がいる
４．疑いがあるメモリル大陸の関係者で一部時点で出てきたのは
　　ピア友人、ピア母、行方不明の父、アリナとラダン、あとは馬車のジジイ

以上の根拠から、黒幕としてはやっぱピア母が怪しい