エンチャや戦化粧のレベルが0や1になってる件については、報告いってるから、修正されると思うよ。
ただ、その場合、また修正プログラムでセーブデータ作り直しになる可能性もあるから、
修正プログラムを適用した時に退避させておいたセーブデータはそのまま消さずに退避させておいたほうがいいだろうし、
今のデータで出したアイテムはなくなる可能性あるから、修正くるまでは様子見するか適当に遊ぶのが正解じゃないかという気がする