インターネットマップ画像を変更し各地域でより差別化がされるように描き直された
現在使用中のサブチップがアイコンとしてHUD上に表示されるようになった(アイムフィッシュ等の効果も表示)
設定変更も従来は別アプリケーションを介して行っていたが、新バージョンからゲーム中に取り込みシームレスに変更できるようになった

バトルチップの性能を強化した
GIFではバックステック1の性能が変更されたことが判明
威力が80→60に低下したものの攻撃範囲がバンブーランス＋ロックマンの列のみ2マス分になる？
トルネードガン2は威力が15→40に強化され、性能そのものが変更された可能性もある

エンドコンテンツとして敵ナビSPを実装
高いバスティングレベルでデリートできればSPナビチップも入手できる

その他にも変更点は膨大になる
新チップの追加、アンプの電脳の短縮、ゴーストエリアの強化等