第6話では、帝国航空の立て直しをめぐる、政府と東京中央銀行の戦いがより熾烈なものに。政府の要求する500億の債権放棄を拒否したい半沢（堺）は、帝国航空の再建に必要な人員削減をするため、社員の再就職先などを探していく。 そんな中、金融庁の黒崎（片岡愛之助）が、帝国航空に貸し付けた融資が適正であったかどうかをチェックするため、銀行に乗り込んできた。この難を、審査部次長・曾根崎（佃典彦）が救ったのだが、彼の言動に半沢はどこか違和感を覚える。一方、大和田派からは「大和田だと直球すぎるし、共闘したので違ってほしいが、頭取を引きずり下ろすのが目的ならありえる」「紀本常務あやしく思わせといて、じんわりと頭取を陥れたい大和田な気もする」といった推測がされている。その他にも、大和田＆紀本の黒幕2人説、インパクト絶大な頭取（北大路欣也）が本物の黒幕説、さらには第1話からずっと怪しい小料理屋の女将（井川遥）がまさかの黒幕説…なども候補としてあがっている。全視聴者の注目を集める本当の“黒幕”とは、いったい誰なのだろうか。果たしてそれが明らかになるのか。