ヴィレの槍を手にしたシンジはエヴァに取り込まれたアスカ、14年前のレイ、カヲルを助けていく。
ヴィレの槍で初号機、13号機更には歴代のエヴァもろとも貫いてアディショナルインパクトを阻止した。

シンジは自らの意志でネオンジェネシス（エヴァと使徒が存在しない世界の創造。）を決意し、実現したのだ。


〜エンディング〜
少し時が経ち、エヴァの呪縛が溶け少し成長したシンジは、駅のホームでベンチに腰かけていた。向かいのホームには仲睦まじいレイとカヲルらしき２人。
『胸が大きくて良い女』のマリが登場。
手を繋ぎホームから離れる2人。


終劇

全員集合の１枚絵に羽ペンが走り
『さようなら、すべてのエヴァンゲリオン』
と書かれる。