〜オープニング〜
パリ支部での戦い。

場面は変わりQのエンディングから繋がるアスカ、綾波、シンジの3人に。
やがて、大人になったトウジやケンスケが住む集落（第3村）へたどり着く。塞ぎ混んでいたシンジだったが、アスカや綾波、トウジやケンスケの温かさに触れ徐々に元気を取り戻していく。そして、ミサトと加地との息子とも出会う。加地はサードインパクト阻止の為に命を落としていた。
綾波は、村人との交流で自分の心が変わっていくのを感じていたが、やがて自身の肉体はネルフでしか生きられないと悟り、最後の瞬間は、シンジの目の前でLCL化してしまうのだった。
それを目の当たりにしたシンジは、アスカをピックアップに来たヴンダーに乗り、再びヴィレに着いて行くことを決意。
セカンドインパクトが起きた南極で新しいプラグスーツに身を包むアスカとマリ、狙いはまだ起動していない13号機。

邪魔な使途もどき達を弐号機と8号機で倒しつつ目的地へ。
13号機までたどり着き、アスカが止めを刺そうとするとATフィールドが発生。
アスカは眼帯を外し使途の力を借りるが13号機が起動、アスカは13号機に取り込まれてしまう。

アディショナルインパクトが発生するなか、シンジは初号機に乗せるようミサトに志願。
サクラとミドリがシンジに銃を向けるがミサトの説得でシンジは初号機に搭乗。
マイナス宇宙で戦うカシウスの槍を持った初号機とロンギヌスの槍を持った碇司令が操る13号機。
場面が色々変わる中、初号機は13号機に歯が立たない。

ここでミサトとリツコはヴンダーの脊髄で新たな槍を作成することに。
ヴィレの槍を作成したヴンダーの乗組員はミサトを残して脱出。
ミサトは最後ヴンダーの爆発に巻き込まれながら命をかけて槍をシンジの元へ届けた。