とりあえず社会科の教員免許持つ身として三権分立の欠陥を挙げると、
最高裁長官を内閣総理大臣が指名できることにある

内閣が恣意的に司法を操作できる状況は、分立状態にあるとはいえない

かといってそれを選挙で争点にする候補者って調べる限り居ないんだよな
探しかたが悪いのかもしれんが