検索してまとめてみた。

水戸街道新宿拡幅の完成後は、水戸街道を通行する車両は、亀有警察署の前を地上で通過して、
線路が立体化した新金線の下側を潜り抜けてから中川橋まで道路が立体化される。

このpdfの4頁目の下にある断面図でも、新金線が高架になっている。
http://www.ktr.mlit.go.jp/ktr_content/content/000680940.pdf

国交省とJR東日本との間では、既に十数年以上前に新金線立体化の話がついている。
「本事業を進めるには、交差するJR新金線(貨物)の高架化が必要である。しかし、
JR新金線(貨物)の高架化は時期が未定となっており、調整に時間を要していたが、
まずは現道拡幅(６車線化)を実施することで合意された」

新金線は、水戸街道から常磐線の本線と合流するまでに補助276号線など計八ヶ所
も踏切があります。このため、水戸街道の手前から常磐線との合流区間はすべて
連続立体とする計画で、常磐線とは高架で合流できるように取り付け部分が複線で
すでに完成している。
https://goo.gl/maps/2VWBkbgNMfN2

新金線と常磐線の取り付け部分の写真追加
http://nabe-masao.cocolog-nifty.com/blog/images/2011/12/20/111220_085248s.jpg
http://nabe-masao.cocolog-nifty.com/blog/images/2011/12/20/111220_084216s.jpg