チリッチに勝ってチリッチのライジングの展開を吸収したのにジョコビッチ戦では後ろに下がって守りを固めてるジョコビッチに対してマドリッドナダル戦で見せたライジングショートクロスの神ショットを使うことはできなかったのでしょうか。

まあ、ジョコビッチがフェデラーやナダルにまったく勝てなかった時期があったように錦織は今、昔のジョコビッチと似た境遇にいると思います。
ただ、テニスを続けていたらいつかはジョコビッチのように乗り越えられると思います。

ちなみにジョコビッチは錦織の試合をデータ分析企業に依頼していたそうです。
ショットの傾向や弱点を分析してもらったのでしょう。
錦織も依頼してみたらどうでしょう。