キラと対立する主人公だから最初から駄目とか意味がわからん
スポンサーの意向か何かは知らんがそういう企画になったんだから
キラと対立する主人公が成り立つ話を考えるのが脚本の仕事でしょ
例えば逆転裁判4でも旧主人公を出すように言われたから
（出来上がりの賛否はともかく）新主人公を主人公に据えつつ旧主人公を出す脚本に変えたらしいし
種が初代ガンダムのオマージュとするなら種DはZ的な立ち位置だけど
Zでは前作主人公や前作主要キャラを動かしつつ新主人公の物語としてちゃんと構築してある
種Dに求められてたのはそういう「前作の人気キャラを使いつつ新キャラも活躍させる」脚本

で、出来上がったのが単に出来が悪い脚本じゃなく明らかに一部キャラage他キャラや新主人公sage脚本で
age対象が種時代に脚本監督夫婦の身長体重を反映してたキャラ2人
その2人がイチャつくシーンも変に入ってくるしで
少なくともキャラに何かしら思い入れがあって歪んだでしょ…と邪推せざるを得ない