政教分離とは宗教は政治に干渉してはならないと言う法律です。これまで宗教が政治に干渉して国民が不幸になった数々の歴史から教訓を得た結果なんですね。
では何故、宗教が政治に干渉してはいけないのでしょうか？
それは宗教には(非信者、他宗信者)に対して排他的な考えを持つものがあるからです。自分たちの教えが唯一正しくて、他の人々の考えは間違っている、そんなの許せない、考えを変えさせろ！その為には制裁を加える、攻撃しても構わない。と考える教団があるからですね。
例えば日蓮を宗祖とする創価学会などがそれあたりますね。そんな所が政権を取って権力を握れば、それこそ憲法が定める信教思想の自由が侵されてしまいますよね。
政治とはあくまでも、あらゆる環境にあるあらゆる思想の国民の平和安定の為にあるものですから、宗教よりも一段上の広いものでなければなりませんね、そう考えればわかりやすいですね。