一方、これは異論もあるのですがホステスなどの職業は被雇用者ではなく、
店と言う場所を借りての個人的営業で店とは雇用関係に無く独立事業主としての
契約である、という主張もあります。
銀座の高級クラブなどはこの形式に則っています。
この場合実際は給与などは発生するはずもなく、契約による条件によりあなたの
取り分が決まっているだけです。
こうなると民事の領域になるわけですが、契約書があり、それに今回のような事象が
明記されその場合、特定された店に対する債権を失う、というような条項があり、
かつそれにあなたが同意、契約しているということであれば店側の主張にも一理はあります。
ただし、現実問題それはあり得ないでしょう。
そうすると先に示した損害賠償請求となるわけで店側とすれば、「損害額が（貴方が持つ）債権と同額」
という主張であると考えられます。
しかしあなたがそれに承服しないならば民事での係争となり、店側はその損害を証明することが必要になります。

いずれの場合を取って見ても店側に理は無い様に思います。
おそらくはそんなこともわからずに主張しているだけでしょう。
弁護士に相談、労働基準局に相談、ETC・・・
どういう方法をとってもあなたの債権は認められると思います。